كلیسای هوانس مقدس یكی از كلیساهای ارامنه كاتولیك است و نام آن از اسم یكی از حواریون حضرت عیسی (ع) به نام «یوحنا» گرفته شده است كه ارامنه به آن «هُوانس» می‌گویند. این كلیسا در داخل شهر مراغه واقع شده و تاریخ بنای آن را قرن ۵ و ۶ میلادی می‌دانند. بنای اصلی كلیسا بارها بر اثر عوامل مختلف تخریب شد و بنای فعلی در سال ۱۸۴۰ میلادی به ابتكار سردار سامسون خان و توسط معماران روسی و فرانسوی ساخته شد. بنا به صورت مستطیل با نمای آجری ساخته شده است. ایوان آجری بنا به وسیله دو راه پله به برج ناقوس كلیسا كه به صورت ستاره‌ای ۱۶ضلعی است و ۱۲ متر ارتفاع دارد، راه می‌یابد. این كلیسا شامل سه بخش می‌باشد كه عبارتند از محل اسكان اسقف اعظم، مدرسه و محل روشن كردن شمع و عود. برخلاف عرف رایج در كلیساسازی، این بنا دارای پلان مربع است. این كلیسا در دوران حكومت ایلخانیان از موقعیت خاصی برخوردار بوده و دارای كلیساها و صومعه‌های متعدد بود. بر اثر مهاجرت ارامنه به تهران و شهرهای دیگر این كلیسا عملاً بدون استفاده ماند و در حال حاضر سازمان میراث فرهنگی مراغه در این بنا موزه تابلوهای نقاشی دایر نموده است.